十二月二日，袁肃将营口总司令部撤往奉天，既然辽东战事已经结束，他也应该挂印辞官，不过毕竟此次中日冲突留下了一个不容小视的隐患，陆军部还是决定保留总司令部的一些单位留驻在奉天，以备不时之需。
到奉天之后，袁肃与蒋百里、赵山河、陈文年、田文烈、朱泮藻等人召开了一次中央军的战后会议，首先是合算此次作战的战损，其次则是论功行赏，再者也就是对中央陆军第二师、第五师以及奉天十七师的新防区划分。
按照总统府和陆军部三天发回来的指示，此次中央军在辽东作战是包含一定政治目的，那就是将中央势力拓展到地方，谨防东三省会像西南诸省那边拥兵自重。所以尽管第二师、第五师都是近畿部队，但索性也就趁此机会常驻在东三省。即便不常驻，也要坚持度过目前这个敏感时期，等到辽东突发事件的阴影全部消除之后，再另行定夺。
此役历时二十二天，阵亡将士合计一千六百三十三人，受伤离开编制者三千八百五十人。战争消耗物资折算资金一百七十余万，而战后重建和抚恤物资折算资金初步预计会需要两百万左右。不过战争中通过搜缴和劫掠所得的利益差不多也有一百多万，再加上把俘获战利品变卖，勉强算是能抵消此次作战付出的经济代价。
论功行赏方面，司令部军功司和陆军部军功司特派专员早已做好了一份初筛名单，由袁肃负责从初筛名单中核定人选和功绩。袁肃这边通过与后勤司令部、前线各指挥部的磋商，业已确定了一份所属名单。基本上将此次参与作战各部都均衡的安排了“功劳”，就算从始至终还怎么开过枪的朱泮藻第五师，也算是一份“劳苦之功”。
经过一番讨论，袁肃决定委派田文烈第二师驻守营口，第五师驻守凤城，第十师暂时返回山海关屯驻。这么做的目的并非是为了让个人势力远离是非之地，而是减轻东三省地方财政对中央军的负担，反正山海关距离营口不算远，又有铁路四通八达的连接，真要出兵也就几天的时间。再者在自己的地盘上由自己来供养，省的与东三省地方政府斤斤计较。
至于中央陆军第一兵团，司令部暂时归编在统战总司令部麾下，一起进驻奉天。包括兵团直辖几个预备役团也都留在奉天，第一旅、警卫团和预备炮兵团这三支部队返回直隶，继续加以训练和扩充。
战后会议结束后，袁肃又赶往第一兵团临时集合地，走访并慰问了兵团上上下下的官兵，也专门挑选了一个伤兵聚集的医院进行一番安抚。在刚才战后会议军功论赏时，他是特别为第一兵团的一些基层军官进行了表彰，毕竟第一兵团扩充迅速，很多军官没什么实战经验，却能在战争中发挥极好的领导作用，当真很是叫人欣慰。
尤其是孙连仲，在侧翼阵地失守之际，单凭麾下一个团部分兵力殿后，掩护伤员和物资撤回盖州城内，竟然能以最小的伤亡代价，拖延住日军汹涌的进攻。袁肃在与孙连仲见面时，热情洋溢的拍着对方的肩膀称赞道：“昔诸葛亮出岐山，失利于箕谷，而赵云随即聚拢部队，固守箕谷，没有造成大损。部队撤退时，赵云又亲自断后，阻止曹军追击，因此军资和人员的损失都不大。今日孙仿鲁之功，不亚三国赵云，当是彰功以效典范。”
在奉天停留了一段时间之后，北京总统府和陆军部皆发来电文，告知袁肃尽快返回北京。总统府并没有说是所为何事，但是既然没有说，那推测起来肯定还是袁世凯要找他商议帝制一事。而陆军部发来的电文，则是表示要对袁肃此次作战进行授勋嘉赏。
临行前一天下午，袁肃找到蒋百里和陈文年二人私底下会晤了一番。
虽然这段时间袁肃一直在忙着辽东战场善后的工作，但是对于国内舆论气氛的变向还是有所关注，不管是北洋政府或者筹安会私底下推波助澜，又或者是民间自发的掀起了眼下这股风浪，稍微有一点头脑的人都很清楚国家很快会有一场重大的变故发生。
在过去大半年时间里，以北洋军官俱乐部为首的北洋少壮派团体，一直在散播着袁肃的一些个人看法，所以对目前国内气氛的变化，袁肃麾下所掌握的军队这一块，并没有太明显的反应。就算有先见之明的诸如蒋百里、陈文年、高顺等人，其三人为首的核心军官阶层，也没有对所谓的帝制感到反感。
历史上蒋百里甚至还亲自主持过袁世凯祭孔的仪式，显而易见，蒋百里本人对自己的定位很清晰，军人不干政，只潜心于国防事业的发展。这一点与蔡锷颇有相似之初，也难怪二人可以走得那么近。
这次找蒋、陈二人会晤，就是正式的来试探二人对袁世凯称帝的意思，如果谈得拢那便顺势把话题聊的更深入一些，尝试着为袁世凯称帝前后进行一番谋划；如果谈不拢，那也只能暂时点到即止，或可明晓一些道理加以劝说。
来到书房，袁肃示意二人落座，先说了一些关于辽东善后的琐事，随即便直入正题询问二人是否关注最近国内各大报纸上的新闻。蒋百里自然是每天都有固定阅读一些时事报纸，倒是陈文年也是最近今天听人说起这才渐渐关注起来。
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