这里引用了美利坚熟知的童话故事，刘易斯十九世纪所写的《爱丽丝梦游仙境》，大致故事是熊孩子爱丽丝为追一只会说话的兔子，掉进兔子洞，来到地下世界。
尼奥选择了红色的药丸，他要去看看真实的世界，吞下后崔妮蒂以及其他人严阵以待。
红色药丸不是什么药，更像是一个追踪程序，吞下后墨菲斯等人就可以反定位。
回到真实世界，尼奥醒来，和在现实世界的状态完全不同，没有头发，没有眉毛，赤果着身体差点溺死，他在一个类似于蛹的营养舱内，身上插满了黑色犹如水蛭的疏导管。
眼前的一幕让尼奥惊呆了，由于太过惊骇，连绝望的情绪都来不及出现。
放眼望去，密密麻麻的营养舱如同蚂蚁巢穴中的蛋，整齐而又可憎的排列，金属感十足的银白色，和天空乌云的灰暗形成强烈的对比。
尼奥刚才躺着的地方就是营养舱，黏糊糊液体类似于羊水。
很多人在这里，没有看懂，感觉很突兀，不明白为什么忽然尼奥就如此惨状，很正常楚舜能够第一次看懂，是在此之前，就知道大概背景。
《黑客帝国》节奏感极好，不明白没关系，剧情马上就解释。
挣脱了疏导管的尼奥，立刻被保育机器人检测到，扔到废水中，要被溶化销毁时，被墨菲斯等人像抓娃娃机一样救出。
尼奥身体极为虚弱，所以墨菲斯在飞船上给其治疗，待尼奥恢复差不多，墨菲斯讲述了真实世界。
这不是1999年，2199年都过了好久了，人类在二十一世纪中叶发明了AI机器人，AI机器人有了自主意识，与人类发生大战，人类节节败退。
结果看来，人类输给了自己创造的物种。
所以人类为打败机器人，有了个天（n）才（t）的想法，把太阳用乌云遮住，切断机器人的太阳能源，岂料机器人更绝，建造了母体，将人类圈养，吸取人类的生物电能。
至于全世界的人靠什么养活……人死了后融化掉，转换为营养液用疏导管给婴儿基础营养，循环利用。
人类，就是果子。
让这些“果子”乖乖挂树上，不要反抗，所以才有矩阵，模拟出1999年，人类像是在玩大型的VR游戏。
“什么叫真？你怎样给真下定义，如果你说真就是你能感觉到的东西，你能闻到的气味，你能尝到的味道，那么这个真是你大脑作出反应的电子信号。”
随着墨菲斯的话语，所有观众都明白剧情上如何一回事了，影院瞬间爆炸，不是说突然很喧闹，而是三观被冲击到。
“法克，法克，法克！”加里昂惊呆了，难怪史密斯称呼墨菲斯是全球最危险的罪犯，这尼玛就相当于是要把电脑磁盘格式化的病毒，不危险才怪。
也难怪史密斯能够封住尼奥的嘴，在虚拟世界史密斯就相当于是杀毒软件。
还有为什么崔妮蒂可以一跳十几米，世界都是虚拟的，母体无处不在，也是一句特别实诚的大实话。
“前面还有一个伏笔，崔妮蒂跌倒后，对自己说着［站起来崔妮蒂］，这是想打破界限。”加里昂本身就对楚舜五体投地，现在六体都投了，谁还能说背景上个世纪不是科幻，这电影都不是科幻电影，那什么电影才是？！
“疯狂的想法，颠覆而又无法反驳，谁又能肯定这世界的一切是真的？”艾伦也被震撼，他小声自己嘀咕：“就像笛卡尔所说的二元论，意识和物体是两个独立的世界，而我们意识的感受，也仅仅是电子信号反馈，并不一定是物体本来原貌……”
越这样想艾伦就感觉这部电影内核太有内涵了。
“人类居然沦为了电池？”
“前面都是伏笔，从现实中明显不可能发生的事，崔妮蒂在电话亭突然消失，都是伏笔，这个写剧本的人是个天才！”
“看到这里，我才看懂这个电影。”
“这部科幻电影太酷了，我一开始还以为是奇幻超能。”黑人学生小声逼逼。
“人类成为了机器人的食物，就好像地球上其他生物成为人类的食物，我们建立养殖场，喂养动物，让它们长大，但对于成为食物没有任何反抗余地，就好像电影里面我们被圈养，成为食物。”乔安娜自己加入了环保组织，所以她从这部电影中看到了环保主义。
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