就是那次负伤，约翰斯顿被迫撤下来养伤，部队则交给了罗伯特.李。
当时罗伯特.李刚刚接过部队的时候，他本身根本没什么名气，对部队士气的提升相当有限，事实上，那时候部队的士气甚至还有所减弱。
但是，约瑟夫.约翰斯顿其实早就制定好了后续的计划，所以罗伯特.李只需要按照原来的计划行事，只在具体战术方面临机应变就可以了。
实际上，后世评价罗伯特.李刚接手部队后的表现，尤其是紧接着的七天战役中的表现，认为联盟军的表现并不是特别好，之所以能赢，还是对面的对手，也就是联邦军的指挥官麦克莱伦更蠢罢了。
换言之，罗伯特.李并不是一上来就才华横溢的，他也是在战斗中慢慢熟悉了联盟军以及联邦军的节奏，然后才纵横开阖，谱写了属于他的传奇，但这归根到底，约瑟夫.约翰斯顿给他打的底子以及让出的机会都是不能忽视的。
之后，罗伯特.李把那支弗吉尼亚军团重新命名为北弗吉尼亚军团，并且带着这支部队南征北战，逐步打上了自己的烙印，混的风生水起。
而这支部队真正的打造者约瑟夫.约翰斯顿呢，则只能悲催的在后方养伤，只能通过一些传闻来获取前方的战报。
大半年之后，大病初愈的他总算是能下床了，紧接着，在他强烈的要求下，戴维斯总统不得不考虑他以及他背后家族的感受，重新启用这位名将，但却不想把他重新放回北弗吉尼亚军团。
毕竟北弗吉尼亚军团是他一手带出来的，放他回去太过危险，再说罗伯特.李现在干的不错，有他带这支部队，联邦军就打不过来，所以不需要约瑟夫了。
相反，当时的西部战区形势险恶，整个西部战区都被格兰特的军团打的溃不成军，田纳西州都已经沦丧，急需重新稳定。
由于西部地区确实需要一个镇得住场面的名将，加上西部的军队跟约翰斯顿家族或者亨利家族也没啥关系，所以出于各种考虑，戴维斯总统就把约瑟夫.约翰斯顿派去了那里，并且任命他为西部战区总司令，负责田纳西方面军以及密西西比和东路易斯安娜两个军区防务。
在当时的情况看，名义上是给约瑟夫.约翰斯顿升官了，权力也相当的大，但那只是个空头司令，根本就无法真正掌握下面的部队，下面的军团司令要么自行其是，要么越过约瑟夫，直接给戴维斯总统发报。
换言之，约瑟夫.约翰斯顿名义上是西部战区的总司令，可他除了在杰克逊城征召的新兵外，几乎谁都指挥不了。
他空降过来后，发出的每一个命令，下面的人根本就不听，最终导致局势糜烂，对格兰特的侵略毫无办法。
要不是中国人的远征军及时出手，先登录新奥尔良，再逆流而上在维克斯堡全歼格兰特兵团主力，恐怕维克斯堡一战过后，联盟国的整个西部战区就全部沦丧了。
维克斯堡战役过后，约瑟夫.约翰斯顿考虑了很久，他终于发现，如果他还想一展抱负，那就必须拥有真正的权力！
如何才能拥有真正的权力呢？很显然，只能靠手中的军权！
当时的情况下，联盟军西部战区中，只有彭伯顿军团还略有余力，其余的军团早就名存实亡，而彭伯顿呢，显然是个有野心且不听话的主，所以约翰斯顿也从没想过能指望他。
那么不能指望彭伯顿，也不能指望戴维斯政府给予大力支援，他能指望谁呢？答案就是中国人！
果然，后来中国人继续北进，一直打破了孟菲斯，约瑟夫干脆就带着新军去了孟菲斯，然后借助于中国人的支持以及本地的人口基础，在当地招兵买马，重建密西西比河军团以及田纳西军团。
这一次，约瑟夫.约翰斯顿也发狠了，他早早跟弗吉尼亚的家人取得了联系，借助家族力量，获得了不少得力的助手，然后把这些人安插在两个新建军团中，摆明了要把这两个军团打造成自己的私人军团。
这其中，田纳西军团就罢了，毕竟里面的军官很多都是戴维斯总统派过来的，他其实管束不了太多，但密西西比河军团却是从无到有建立出来的，是约瑟夫.约翰斯顿真正的私人兵团，也是他东山再起的王牌。
可问题是，要招兵买马也不是那么容易的，人还好说，经历了那么多战争，给口饭就能招起人来，可武器就没那么容易解决了。
中国人的确是有好的武器，可价格太贵，不是约翰斯顿家族能负担的起的。
所以说，为了筹钱养兵，约瑟夫.约翰斯顿费尽心思，干脆对中国人的所作所为睁只眼闭只眼，只要中国人占领这些城市的时候肯给他分点红利，让他有钱供养逐渐成型的密西西比河军团，他也就什么都不管。
正因为这样，驻扎在孟菲斯的田纳西军团才那么自由散漫，因为约瑟夫.约翰斯顿把所有的资源跟经历都倾注到了同样驻扎在孟菲斯的密西西比河军团里了。
甚至是，为了分田纳西军团的权，让他们对自己构不成威胁，当中国军队兵不血刃的那些纳什维尔之后，他果断的把田纳西军团的总部设置到了那里，在孟菲斯这边只保留了一个军的田纳西部队，来个眼不见心不烦。
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