由于王允一直又没有向张让赔罪认错，张让又进一步渲染他的所谓的罪行情节。
不久，王允的案件被提审，王允的手下官员和朋友以及朝中许多官员都十分着急，想制止张让对王允的陷害。大将军何进、太尉袁隗，司徒杨赐联名向皇帝上书，替王允求情，希望汉灵帝能够赦免王允。
他们在奏章中写道：“王允严于律己，宽以待人，为官尽忠尽诚，宽宏贤能，具有君子的风范和气节。过去晋悼公和先朝孝文皇帝能明辨是非，赦免大臣的罪行，陛下就不能仿效吗？如此王允受命于朝廷，诛讨逆贼，安抚良民，本应论功行赏，加官进爵；难道就因如此微不足道的小事情，就定他死罪吗？陛下如此不公平地给予他处罚，恐怕有负众望，百官有所不服吧。”
灵帝刘宏看完奏章后，便赦免了王允的死罪，但仍下狱重新定罪。这年冬天，又逢朝廷大赦。由于张让始终从中作梗，王允仍不在赦免之列。何进、袁隗、杨赐等三公要员继续上书皇上，要求赦免王允。
等到第二年，王允才被免罪释放。当时，朝中宦官当权，张让阉党凭借权势横行霸道，为所欲为。刚刚出狱的王允虽对张让等人的行径深恶痛绝，但因力量有限，只得改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间。
不久刘宏驾崩，王允急忙赶赴洛阳吊丧。此时，朝廷局势极度混乱，以何进为首的外戚势力大增，阉党张让失去了对中央政权的控制权，面临覆灭的危险。大将军何进利用各地方官吏奔丧的机会，大肆结交和拉拢亲己势力，以谋张让。王允一到洛阳，就被何进紧急召见，并说明意图。
王允很感激何进对他的救命之恩，便满口答应，并担任从事从郎一职。后来情况发生急变，张让集结党羽，用何太后召见何进的名义把何进骗入宫中，趁机伏杀。王允不得不迁任河南尹，暂时逃避张让的嚣张气焰。
张让伏杀何进后，曾奉密召的董卓、袁术等人立即领兵进京，讨杀张让。张让、段挂等人挟持少帝刘辩和陈留王刘协半夜出逃。当时，朝中公卿大夫被急变的局势吓得不知所措，他们都不敢护卫少帝。王允立即派遣一部分士兵跟随尚书卢植一起保护少帝，事后，又奉迎少帝回宫。
公元189年（公元永汉元年），董卓废掉刘辨，拥立刘协继位，王允被拜为太仆，不久迁任尚书令。公元190年（公元初平元年），王允替代杨彪担任司徒职务，同时兼任尚书令。
王允担任司徒，可谓是受命于危难之秋。刘协登基后，外戚、宦官斗争仍在继续，黄巾军起义风起云涌，如火如荼，各地割据豪强也趁机发难，借讨宦官为名，纷纷问鼎中央政权，整个东汉政权危机四伏，动荡不安。面对如此国将不国的尴尬局势，王允毅然承担起恢复和革新东汉政权和社会的重任，没有丝毫退缩和畏惧。为了稳定政局，消除混乱，王允和朝中其他忠臣良将一道出谋划策，重新树立皇帝的绝对权威。
董卓在进驻洛阳过程中，迎立刘辩，挟天子以令诸侯。进驻洛阳后，董卓又多次赤裸裸地表现出对权力的贪婪欲望。他废旧立新，毒杀太后，广植党羽，培养亲信，统收兵权，控制朝廷。从董卓的种种倒行逆施中，王允已经敏锐地意识到他将成为威胁东汉政权的最大隐患，必须采取必要措施遏制和除掉董卓。
可是，董卓手中掌握有强大的军事力量，党羽众多，而且董卓本人凶残毒辣，如果主动出击，只能是以卵击石。于是，王允表面上一味听任，甚至顺从董卓，让他放松对自己的戒备，实际上却在细心计划，周密布置。
董卓进入洛阳后，为了站稳脚跟和扩大势力，曾极力拉拢朝中有影响的官员。王允不动声色，顺势归顺，尽量迎合。有时，王允不惜矫情曲意，偏违原则，来换取董卓的信任。董卓见王允不但具有才识，而且对自己忠心耿耿，毫无二心，于是便把王允当作自己的心腹亲信，对王允不生丝毫疑心，无论朝政大小，都托付给王允处理。王允借此时机，亲自主持一些恢复王室和发展社会经济的具体事务。
王允虽然表面上多有曲迎董卓之意，但在有些涉及原则、正义问题上，他仍坚持自己的意见。杨勋是当时朝廷的正义之土，自从董卓乱政以来，杨勋不畏强暴，一直与他进行尖锐的斗争。
他曾与左将军皇甫嵩一起密谋诛杀董卓，后因皇甫嵩升迁，杨勋势力弱小，只得作罢。一次，董卓问王允：“某不知谁最适合担任司隶校尉？”
王允不假思索地回答说：“相国明鉴，只有杨勋最合条件。”虽然明知董卓与杨勋之间矛盾很深，但是，出于正义，王允毅然推举了杨勋。
在与董卓表面敷衍的同时，王允暗中积极组织和筹备反董卓的斗争。王允首先与司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人共同商议诛杀董卓的计策。为了控制一定武装力量，王允等人极力向皇上推荐、保举羌校尉杨瓒行使左将军的权力；同时还举荐执金吾士孙瑞担任南阳太守，掌握一定的地方势力，并且命令他借讨伐袁术为名，带领兵马出道武关，实则为多路夹击董卓作准备。
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